I pennarelli a base di alcool e i pennarelli a base di acqua sono diversi in quanto utilizzano solventi diversi per il colore.
I pennarelli ad alcool utilizzano alcol etilico come solvente per il colore. Questo solvente si asciuga rapidamente e penetra in profondità nel supporto, producendo una finitura vibrante e permanente. I pennarelli ad alcool sono ideali per la colorazione di superfici lisce e non porose come plastica, metallo e vetro. Inoltre, poiché il colore è permanente, è difficile rimuoverlo dai vestiti e dalle superfici.
I pennarelli ad acqua, d'altra parte, utilizzano acqua come solvente. Questo rende il colore meno penetrante e meno permanente rispetto ai pennarelli ad alcool. Tuttavia, i pennarelli ad acqua sono ideali per la colorazione di superfici porose come la carta, il cartone e il legno. Inoltre, sono molto più facili da pulire, poiché possono essere rimossi facilmente dalla maggior parte delle superfici con acqua e sapone.
In generale, i pennarelli ad alcool tendono ad essere più costosi rispetto ai pennarelli ad acqua, ma offrono un colore più vibrante e permanente.
I pennarelli ad acqua, d'altra parte, sono più economici e versatili, ma il colore potrebbe non essere così vibrante come quello dei pennarelli ad alcool. La scelta tra i due dipende dalle esigenze del progetto e dalle superfici su cui si intende utilizzare i pennarelli.